Окончательный диагноз основан на обнаружении паразитов в мазках крови. Для мерозоитов наиболее характерно парное присутствие внутри эритроцитов, они имеют форму груши и их размер достигает 4 - 5 мкм.
Отмечено, что Babesia canis можно обнаружить в неокрашенных мазках крови, но, несмотря на это, наиболее достоверным и информативным является способ быстрой окраски. В основном мерозоиты в достаточно больших количествах находятся по краям мазка и в его косичках (самой тонкой части мазка, образующейся в форме косичек при нанесении его на предметное стекло), что позволяет провести анализ в течение нескольких минут. Взятие крови из капилляров осуществляют путём надреза в области ушной раковины, так как периферическая венозная кровь в большей степени, чем центральная поражена паразитами.
Стадии поражения крови: